分類地位

　　細菌的分類的變化根本上反應(yīng)了發(fā)展史思想的變化，許多種類甚至經(jīng)常改變或改名。最近隨著基因測序，基因組學(xué)，生物信息學(xué)和計算生物學(xué)的發(fā)展，細菌學(xué)被放到了一個合適的位置。

　　最初除了藍細菌外(它完全沒有被歸為細菌，而是歸為藍綠藻)，其他細菌被認為是一類真菌。隨著它們的特殊的原核細胞結(jié)構(gòu)被發(fā)現(xiàn)，這明顯不同于其他生物(它們都是真核生物)，導(dǎo)致細菌歸為一個單獨的種類，在不同時期被稱為原核生物，細菌，原核生物界。一般認為真核生物來源于原核生物。

　　通過研究rRNA序列，美國微生物學(xué)家伍茲(Carl Woese)于1976年提出，原核生物包含兩個大的類群。他將其稱為真細菌(Eubacteria)和古細菌(Archaebacteria)，后來被改名為細菌(Bacteria)和古菌(Archaea)。伍茲指出，這兩類細菌與真核細胞是由一個原始的生物分別起源的不同的種類。研究者已經(jīng)拋棄了這個模型，但是三域系統(tǒng)獲得了普遍的認同。這樣，細菌就可以被分為幾個界，而在其他體系中被認為是一個界。它們通常被認為是一個單源的群體，但是這種方法仍有爭議。

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